在老一辈著名科学家关肇直、吴文俊、许国志等倡导下，经国务院批准，于1979年10月30日成立中国科学院系统科学研究所。关肇直院士出任首任所长，继任所长成平研究员、陈翰馥院士、郭雷院士，高小山研究员，张纪峰研究员，现任所长李洪波研究员。在成立大会上，关肇直所长强调，“作为中国科学院的一个所，我们应有科学创造性，努力创新，密切同各产业部门的联系与协作，为国民经济和国防建设服务，赶超世界先进水平。”

系统科学所属基础型研究所，具有学科多、研究领域广的特点，主要从事系统科学和与系统科学有关的数学及交叉学科的基础研究和应用基础研究。涵盖了数学、系统科学、统计学、管理科学、计算机科学、应用经济学等六个一级学科。长期以来，系统科学研究所的发展与国家的发展共频共振，积极推动我国系统科学事业的繁荣进步。

建所初期，成立了控制理论室、基础数学室、运筹数学室、运筹管理室、统计数学室、数学物理室等六个研究室和四个行政职能部门。1987年，控制理论研究室分为控制理论与应用研究室和系统分析与控制研究室，运筹数学室分为组合与最优化研究室和数理经济系统研究室，统计数学室分为应用统计研究室和统计与信息研究室。1988年，中国科学院管理、决策与信息系统开放研究（重点）实验室成立，首任主任许国志院士。1990年，中国科学院批准建立“中国科学院系统科学所数学机械化研究中心”，首任主任吴文俊院士。1994年，中国科学院系统控制开放研究（重点）实验室成立，首任主任陈翰馥院士。系统科学所主要研究领域有：控制理论、管理科学与运筹学、系统工程、组合优化与系统分析、数理经济、数学机械化、基础数学、数理统计、计算数学、应用泛函、数学物理等。1995年，进一步对科研力量的布局以及研究室建制做了全面调整，将原有的13个研究室调整为5个，即系统控制研究室、系统运筹与管理研究室、统计与计算科学研究室、基础数学与应用数学研究室、数学机械化研究中心；研究所还相继成立了统计与计算科学开放研究实验室和离散数学研究中心。此次调整，为发挥研究所的综合优势，使之发展成走在国际科学前沿、代表我国系统科学水平，并在系统科学领域内能为国民经济发展提供支撑的高水平的研究所创造了条件。经过结构性调整以后，进一步凝炼了学科目标，逐步形成了一批位居前沿领域、具有广阔发展前景、特点鲜明的交叉型学科。

1997年，中国科学院实行定位试点工作，系统科学所被认定为首批基础型研究所试点单位。为深化科技改革，研究所进一步确定了重点发展的五个优势学科领域：系统控制、运筹与管理、统计与科学计算、数学机械化、离散数学以及某些近代数学分支。这些学科方向组成了有机结合的整体，形成了系统科学所的特色。

1998年，面向新世纪，在中国科学院实施知识创新工程的大力推动下，与数学研究所、应用数学研究所、计算数学与科学工程计算研究所整合成为数学与系统科学研究院。建院以来，系统科学研究所成为了纯学术单元，在调整结构、转换机制、凝炼学科目标、明确主攻方向、改善科研环境、建设创新文化等工作上取得了明显成效。而今，系统科学研究所以多学科交叉为特点，在系统控制、管理决策与信息系统、数学机械化、统计学、复杂系统、信息安全、质量科学以及某些近代数学分支等多个学科领域的研究中，具有鲜明的特色和突出的优势，这支队伍已经成为国内系统科学研究领域一支有重要影响的中坚力量。

2018年，系统科学研究所进入新时代。现有七个博士点，分布在数学、系统科学、统计学、管理科学、计算机科学、应用经济学等六个一级学科中。系统科学研究所也是首批被国家批准的具有博士后流动站的单位之一，有数学、系统科学、管理科学与工程、统计学四个博士后流动站，培养了千余名博士生、硕士生和博士后，涌现出了一批杰出人才，已形成了有自己特色的学科方向和科研平台，成为了国内外系统科学领域最具影响力的学术机构。

抓住机遇，谋划未来。系统科学研究所确立了未来发展定位：面向世界科技前沿、面向国家重大需求、面向国民经济主战场，面向人名生命健康，在系统科学及相关领域做出原创性、突破性和关键性的重大理论成果与应用成果，造就具有国际重要影响的学术带头人和一批杰出人才，建立具有引领作用的系统科学研究队伍。我们将砥砺奋进、开拓创新，坚定深化改革信心，保持战略定力，充分调动科研人才的积极性与创造性，努力将系统科学所办成世界一流的研究机构。

系统科学研究所自成立以来，累计获奖300余项，其中获“人民科学家”国家荣誉称号1项；获首届国家最高科学技术奖1项；获国家自然科学奖一等奖1项、二等奖11项、三等奖5项；获国家科技进步奖特等奖1项、一等奖1项、二等奖3项、三等奖7项；获中国科学院杰出科技成就奖2项、自然科学一等奖6项、科技进步特等奖1项、科技进步一等奖6项、科技成果一等奖2项；获重要国际奖励和荣誉60余项。

全国性一级学会中国系统工程学会挂靠在系统科学研究所。主办期刊有《系统科学与数学》、《Journal of Systems Science and Complexity》，形成了系统科学交流与传播的重要平台。研究所与国内外多个学术团体和机构始终保持密切良好的联系，有210余人次在100多种期刊、丛书中任主编、副主编、编委或顾问，有220余人次在国内外150多个学会、协会、专业委员会、奖励委员会等学术组织或团体任职。

目前系统科学研究所科研人员共有80人，其中，中国科学院院士3人，研究员44人。系统科学研究所学术委员会由11人组成，学术委员会是所领导实施学术评议、咨询和参谋机构，其职责为研究所学科的建设和发展，重点研究方向的支持与遴选，评议科研人员任职资格以及招聘新进科研人员的初选等。

学术委员会主任：郭雷，副主任：高小山、洪永淼

委员(按音序)：高小山、郭雷、洪永淼、李洪波、李启寨、刘志新、杨翠红、杨晓光、赵延龙、赵文虓、支丽红

所领导班子成员与职责：所长李洪波负责全面工作；副所长李启寨负责研究生工作；助理赵文虓负责学术交流与宣传工作；助理王珏负责人才引进与团队建设。

所办公室负责综合协调所内各项公共事务的管理和服务工作；负责所内重要工作的督办；负责所内制度建设、重要文件撰写及综合统计工作；负责所内重要会议、学术活动的组织筹备工作；负责院所之间的工作沟通与协调；负责所内网站等媒体平台的内容维护工作；负责所内文化建设与信息宣传工作；承办所领导交办的其他任务。