由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建的"上海系统科学研究院"，经上海市有关部门批准正式成立。成立大会于2005年1月22日在上海理工大学隆重召开，上海市副市长严隽琪到会祝贺并开通了研究院网站，上海市教委副主任王奇到会作了讲话。我国杰出科学家钱学森院士为研究院成立发来贺信表示热烈祝贺，首届国家最高科技奖获得者、中科院系统科学研究所名誉所长吴文俊院士欣然题写了贺辞。

我国系统科学与系统工程界众多著名学者云集上海，共同庆贺我国系统科学发展史上这一重大事件。中科院数学与系统科学研究院郭雷院士和上海理工大学校长许晓鸣教授兼任上海系统科学研究院首任院长， 中科院系统科学研究所高小山所长、汪寿阳研究员和上海理工大学王恒山教授担任副院长， 上海理工大学车宏安教授担任首届执行院长。此外，戴汝为院士、汪应洛院士、王众托院士、刘源张院士等我国系统科学与系统工程界八位著名专家应邀担任研究院共同院长。上海系统科学研究院是在当前多学科综合交叉发展潮流向系统科学发展提出进一步挑战的背景下、在大量现实复杂系统问题呼唤系统科学理论方法有效指导的需求下、在过去多年我国系统科学发展的良好基础上成立的。上海系统科学研究院将采取"小实体、大网络"的新型组织方式，借助网络等现代通讯设施，联系全国优势力量，开展系统科学与工程学科建设、科学研究、学术交流、人才培养等方面的工作， 努力推动系统科学及交叉学科的发展，并为我国及上海的社会经济建设做出积极贡献。