11月15日，在系统科学论坛暨系统科学研究所成立30周年庆祝会上，举行了“系统科学最佳论文奖”颁奖仪式，10篇优秀论文被授予“系统科学最佳论文奖”。 

“系统科学最佳论文奖”是在庆祝系统科学研究所成立30周年之际，为进一步促进系统科学发展，更好地办好《系统科学与数学》和《Journal of Systems Science and Complexity》（原刊名Systems Science and Mathematical Sciences）两个刊物，经研究决定设立的。“系统科学最佳论文奖” 的评选范围是两刊创刊以来发表的论文，是在采取自荐和专家推荐相结合的基础上，由系统科学研究所组成的评奖委员会最终评选的。

获奖论文包括首届国家最高科学技术奖得主吴文俊院士1984年发表在《系统科学与数学》上的论文“Basic principles of mechanical theorem proving in elementary geometries”。这一篇论文被认为是一篇数学机械化证明领域的奠基性论文，给出了方程求解的特征列方法与几何定理机器证明原理。 获奖论文中还有“遗传算法之父”、 美国圣菲研究所的J. H. Holland教授2006年发表在《Journal of Systems Science and Complexity》上的论文“Studying complex adaptive systems”，该文提出了研究复杂自适应系统的一个新模型。其它八篇获奖论文的作者分别为： 黄云清、林群；韩京清、王伟； 张景中、杨路、侯晓荣；龚光、戴宗铎；谢惠民； 徐瑞、陈兰荪； 戴彧虹； 俞建等知名学者。